Первоначально Рукописный фонд состоял из немногочисленных рукописей, собранных организациями, занимавшимися разработкой научных проблем. В 1930-х гг. в фонд поступили личный архив проф. Н.И.Ашмарина; материалы комплексной правительственной экспедиции 1933 г. (анкеты, дневниковые записи, многочисленные фотоснимки, рисунки художников, предметы бытового искусства); фольклорно-этнографические записи, материалы по истории и др. В 1940-х гг. поступили личные архивы И.Д.Никитина (богатейший материал по этнографии, истории, фольклору чувашей за период с 1904 по 1945 гг.); И.Н.Юркина (рукописи его неизданных художественных произведений, исследований по истории и этнографии, фольклорные записи); дела Ядринской воеводской канцелярии за 1774–75 гг.; экономические примечания Ядринского, Чебоксарского, Козмодемьянского, Цивильского и Тетюшского уездов (описание сел и деревень указанных уездов в кон. XVIII в нач. XIX вв.) и др. В 1944–45-х гг. Н.В.Никольский передал в институт свой рукописный фонд (исторические, этнографические и фольклорные материалы о чувашах и других народах Поволжья). В 1950–70-х гг. архив дальше пополнялся рукописями деятелей науки и культуры, различными материалами по истории, этнографии, фольклору, языку, литературе (поступили личные архивы П.Ф.Ермолаева, П.Г.Григорьева, М.Я.Сироткина, фольклорные собрания В.С.Разумова, рукописи Г.И.Комиссарова; и мн.др.). В 1970–1990 гг. уделялось очень большое внимание пополнению фонда Научного архива. Именно в этот период институтом приобретены личные архивы многих писателей и поэтов, деятелей науки и культуры, артистов, композиторов и художников. Институт почти ежегодно проводил комплексные научные экспедиции в районы Чувашии, в чувашские селения за пределами ЧР. Материалы этих экспедиций также хранятся в НА ЧГИГН. Известные археологи Москвы и Ленинграда (Г.А.Федоров-Давыдов, Н.Я.Мерперт, М.С.Акимова, О.Н.Бадер, А.П.Смирнов, Н.В.Трубникова и др.) совместно с местными археологами (В.Ф.Каховский, Е.П.Михайлов и др.), вовлекая студентов, проводили археологические разведки, результаты которых тоже пополняли фонд научного архива ценнейшими материалами. В 2004 г. в институт поступил архив доктора исторических наук, профессора В.Д.Димитриева (материалы по истории чувашского и других народов Среднего Поволжья с древних времен по XX в.), в 2008 г. – архив Союза профессиональных писателей ЧР (личные дела).

 

В фондах Научного архива на сегодняшний день находится более 15 тыс. единиц хранения по истории, материальной и духовной культуре народов Поволжья; фольклору и этнографии, чувашскому языкознанию и литературоведению, музыкальному и театральному искусству; экономике и социологии; уникальные фотографические и картографические материалы; предметы бытового искусства; редкие книги и статистические сборники. Среди них рукописные собрания К.В.Элле, В.К.Магницкого, Н.И.Золотницкого, Н.Я.Бичурина, С.М.Михайлова, И.Д.Кузнецова, И.И.Одюкова, И.А.Патмара, Н.Р.Романова, В.Г.Егорова, Н.А.Андреева, С.П.Горского, И.П.Павлова, Л.П.Сергеева и др.; документы из личного архива И.Я.Яковлева; личные архивы многих писателей и деятелей культуры: М.Сеспеля, К.Иванова, П.Хузангая, С.Шавлы, С.Эльгера, А.Артемьева, Ф.Уяра, П.Осипова, А.Канаша, Л.Агакова, М.Волковой, Н.Васянка, Васся Анисси, В.Митты, В.Паймена, К.Пайраша, М.Трубиной, В.Рзая, Н.Полоруссова-Шелепи, Ю.Скворцова, А.Талвира, Я.Ухсая, Н.Шубоссинни, И.Тукташа, И.Тхти, М.Юхма и др.; артистов О.Ырзем, И.Максимова-Кошкинского, Тани Юн, Б.Алексеева, Е.Никитина, С.Михайловой; художников М.Спиридонова, Ю.Зайцева, А.Тагаева-Сурбана, П.Сизова, Н.Овчинникова и др.; нотные произведения композиторов В. и Г. Воробьевых, С.Максимова, Г.Хирбю, В.Ходяшева, Ф.Васильева, А.Асламаса, Ф.Павлова, Т.Парамонова, В.Иванишина, Г.Лебедева, Ф.Лукина, М.Алексеева и др.; сведения об известных ученых, представителях художественной и творческой интеллигенции, Героях Советского Союза, Героях Социалистического труда, генералах и адмиралах, ветеранах КПСС, Гражданской и Великой Отечественной войн и труда и др.

 

В научном архиве ЧГИГН документы хранятся по отделам: общий; история и археология; фольклор и этнография; чувашский язык; литература; музыка и театр; экономика и социология; фотографические и картографические материалы, картины; предметы бытового искусства; редкие книги и статистические сборники; временное хранение.

 

В I отделе (общий) личные архивы Н.И.Ашмарина, Н.В.Никольского, Н.Р.Романова, Н.И.Юркина, И.Д.Никитина, Г.И.Комиссарова, К.В.Элле, М.С.Сироткина, П.Г.Григорьева, В.Д.Димитриева; поступившие в 30–40 гг. фольклорные и этнографические материалы; материалы «Краеведческого словаря», «Краткой чувашской энциклопедии»; рецензии и отзывы и т.д.

 

Во II отделе (история и археология) много материалов собрано по истории чувашского народа, Чувашии, г. Чебоксары и других городов (Алатырь, Канаш, Козловка, Козмодемьянск, Марпосад, Новочебоксарск, Цивильск, Шумерля, Ядрин); по истории школ и учебных заведений, населенных пунктов и топонимике; по отдельным уездам (Буинский, Казанский, Козмодемьянский, Курмышский, Симбирский, Свияжский, Тетюшский, Цивильский, Чебоксарский, Ядринский). Имеются сведения об известных ученых, представителях художественной и творческой интеллигенции, Героях Советского Союза, Героях Социалистического труда, генералах и адмиралах, ветеранах КПСС, Гражданской и Великой Отечественной войн и труда и др.

 

По археологии материалы хранятся с 1914 г. (это в основном отчеты, фотографии, планы археологических разведок).

 

III отдел (фольклор и этнография) состоит из фольклорных (сказки, легенды и предания, пословицы и поговорки, загадки, приметы, песни, частушки; детский фольклор; фольклор русского и др. народов.) и этнографических (обычаи и обряды, постройки, одежда, пища, хозяйство, ремесла, народная медицина, общественные и семейно-родственные отношения и др.) материалов; материалов комплексных научных экспедиций (с 1928 г.).

 

В IV отделе (чувашский язык) хранятся материалы по всем разделам языкознания. В том числе исследования Н.И.Ашмарина, И.А.Андреева, Н.А.Андреева, С.П.Горского, В.Г.Егорова, А.С.Канюковой, И.П.Павлова, Л.П.Сергеева и др.; рукописи, фотокопии работ по чувашскому языкознанию 1920–1990-х гг.; материалы экспедиций; диалектологические атласы, карты диалектов и говоров и др.

 

Основу V отдела (литература) составляют личные архивы писателей, поэтов, критиков (И.Тхти, Л.Агаков, А.Артемьев, С.Аслан, А.Алга, В.Алагер, В.Бараев, Н.Васянка, Васся Анисси, М.Волкова, А.Воробьев, В.Давыдов-Анатри, М.Данилов-Чалдун, Н.Дедушкин, Е.Еллиев, И.Ивник, К.Иванов, М,Ильбек, А.Канаш, А.Калган, В.Краснов-Асли, Г.Краснов-Кeзeнни, В.Канюков, Д.Кибек, Г.Комиссаров, Г.Кореньков, С.Лашман, В.Митта, И.Максимов-Кошкинский, П.Осипов, Г.Орлов, В.Паймен, К.Пайраш, Н.Патман, Н.Полоруссов-Шелеби, В.Рзай, М.Сеспель, Ю.Скворцов, Т.Тайр, Г.Тал-Мрза, А.Талвир, М.Трубина, Хв.Турхан, Э.Турхан, Я.Турхан, И.Тукташ, В.Ухли, Я.Ухсай, М.Ухсай, Ф.Уяр, С.Хумма, П.Хузангай, С.Шавлы, М.Шумилов (Уйп), Н.Шубоссинни, С.Эльгер, М.Юхма, П.Ялгир и др.).

 

VI отдел (музыка и театр) содержит нотные произведения видных композиторов Ф.Павлова, В.Воробьева, Г.Воробьева, В.Иванишина, А.Асламаса, В.Кривоносова, Г.Лебедева, Ф.Васильева, Л.Викар, Г.Лискова, Т.Парамонова, Ф.Лукина, И.Люблина, С.Максимова, И.Пустыльника, Г.Хирбю, В.Ходяшева, М.Алексеева и др.; личные архивы актеров Б.Алексеева, П.Иванова, А.Лукьяновой, С.Михайловой, Е.Никитина, Л.Семенова, О.Ырзем и др.

 

VII отдел (экономика и социология) – экономика промышленности, сельское хозяйство, природные ресурсы, транспорт и строительство. Здесь, например, хранятся материалы геологических разведок в Чувашии 1920–30 гг. (это исследования о наличии железной руды, нефти, известняков, бутового камня, глины для Чебоксарского кирпичного завода, о скважинах, водных эрозиях, об использовании отходов древесины); материалы о сельскохозяйственном производстве (в основном годовые отчеты колхозов и совхозов). В 1970–80 гг. отдел пополнялся статистическими сборниками и научными разработками сотрудников по тем или иным отраслям производства.

 

В VIII отделе фотографический, картографический материал, произведения живописи и графики. На фотографиях отражены история и этнография чувашского народа, история городов и населенных пунктов, культурных учреждений и учебных заведений, запечатлены архитектурные памятники. Здесь же хранятся фотографии из личных архивов известных людей. Имеются исторические карты и их копии с XVIII в., картины (архивы М.Спиридонова, Ю.Зайцева, А.Тагаева-Сурбана, П.Сизова, Д.Архангельского и др.).

 

В IX отделе хранятся предметы бытового искусства. Впервые они поступили в 1933 г., собранные членами комплексной правительственной экспедиции. В последующем фонд пополнялся в ходе других экспедиций, некоторые материалы приобретались от частных людей. Здесь в основном мужские и женские рубашки с вышивками; вышитые и вытканные передники; покрывало невесты, платки жениха (кĕрÿ тутри); сурбаны, головные повязки (масмак); украшения из драгоценных металлов и бисера (ама, тухъя, хушпу, «мaй çакки», «çуха», «çивĕт вĕçĕ»), браслеты и др. В 1970-х гг. поступили джучидские, крымско-киреевские и др. монеты XIV–XV вв., серебряные монеты конца XVII – нач. XVIII вв.

 

В X отделе (отдел редких книг и статистических сборников) – печатная литература. Это в основном книги, поступившие с материалами из личных архивов. Среди этих книг многие представляют большую ценность. В 1959 г. Госархив Татарской АССР прислал более 200 названий религиозной литературы, несколько книг передал Марийский научно-исследовательский институт. В 1970-х гг. по просьбе института писатели России и стран СНГ прислали книги с автографами П.Хузангая. С 1970-х гг. все статистические сборники Чувашского и Российского статуправления стали заносить в этот отдел.

По материалам архива написано немало научных трудов, изданы сборники и монографии. Пользуются архивом научные работники, ученые, преподаватели вузов, учителя, аспиранты, соискатели, студенты, краеведы. В числе посетителей архива есть исследователи из других регионов России и из-за рубежа (Японии, Франции, Турции и др.).

 

Сотрудниками научного архива работали: Степанова В.Г. (1946–1948), Димитриев В.Д. (1948–1951), Романов Н.Р. (1951–1953), Денисов П.В. (1953–1954), Кустарникова (1954–1957), Сидорова Е.С. (1957–1962 и 1967–1969), Ивановская Л.М. (1962–1964), Степанова В.Г. (1964–1967), Родионова З.В. (1969–1971), Верхилеева Р.А. (1971–1988 и 1996–2001), Еливанова Г.Г. (1988–1990), Фомин В.К. (1990–1996), Никифорова В.В. (2001–2002), Николаева Г.Г (2002-2017).

 

С 2017 года научный архив возглавляет Р.Н. Магарина.