История археологических работ института берет свое начало с 40–50-х гг. XX века. Первые археологические исследования Чувашского НИИ ЯЛИ были проведены совместно с археологами из Татарии (П.Г. Григорьев, Н.Ф. Калинин, А.Б. Булатов) в 1942 г. во время Великой Отечественной войны в восточной части Чувашии с целью поиска болгарского города Керман. В 1954 г. состоялась историко-археологическая разведочная экспедиция Чувашского НИИ и Чувашского государственного педагогического института (П.Г. Григорьев, В.Ф. Каховский).
Систематическое планомерное и целенаправленное археологическое изучение территории Чувашии, охватившее все периоды древней истории, началось после создания в 1956 г. Чувашской археологической экспедиции, финансируемой НИИ ЯЛИЭ. Работы экспедиции ознаменовались важными открытиями, обнаружением и исследованиями нескольких десятков памятников археологии от мезолита до позднего средневековья. В 1956–59 гг. экспедицию возглавлял известный московский археолог А.П. Смирнов. Данные работы отличал комплексный характер: полевые работы велись силами 3–4 отрядов, каждый из которых занимался изучением памятников определённой эпохи. Отряд Г.А. Федорова-Давыдова (1956–59) проводил исследование болгарских городищ; отряд Н.В. Трубниковой (1956–63, 1965) сосредоточился на городищах раннего железного века; отряд Н.Я. Мерперта (1957–59) изучал курганы абашевской и срубной культур эпохи бронзы.
В 1958 г. к экспедиции присоединился четвёртый отряд под руководством В.Ф. Каховского, исследовавшего в 1958–61 гг. разновременные памятники. В 1962–1963 гг. В.Ф. Каховский возглавлял чувашский отряд Поволжской археологической экспедиции, а в 1963–1972 гг. он работал в составе Чебоксарской новостроечной экспедиции (рук. Ю.А. Краснов), частично финансируемая ЧНИИ. В 1973–1993 гг. под руководством В.Ф. Каховского продолжила свою работу Чувашская археологическая экспедиция Чувашского НИИ ЯЛИЭ.
В советские годы в различных отделах института трудилось несколько археологов. В 1974–80 гг. в отделе истории и археологии ЧНИИ ЯЛИЭ работал Б.В. Каховский. В этом же отделе в качестве археолога состоял Л.Г. Краснов. С 1980 г. практически без перерыва в институте работает Е.П. Михайлов. В 1989 г. был создан самостоятельный отдел археологии и антропологии, заведующим которого вплоть до своей трагической смерти в 1993 г. трудился проф. В.Ф. Каховский. В.Ф. Каховским, Б.В. Каховским и Е.П. Михайловым в эти годы были открыты и изучены десятки новых археологических памятников на территории Чувашии, написано и опубликовано множество трудов по древней и средневековой истории нашего края и чувашского народа.
После определенных трудностей 1990-х гг. в 2001 г. в институте был воссоздан отдел археологии в составе трех научных сотрудников (Е.П. Михайлов, Н.С. Березина, С.А. Краснов). В дальнейшем в отдел пришли работать А.Ю. Березин, О.В. Лоцманова (Эльмобарак Джафар), Н.С. Мясников, В.Ю. Григорьев, Л.В. Сивова. На сегодняшний день отдел имеет статус археологического направления. За прошедшее время была проделана немалая работа: разработана концепция развития археологической науки Чувашии, сделаны важные шаги по систематизации фондов археологических материалов, создана лаборатория. В 2001–2022 гг. в ходе разведочных работ и раскопок открыто и исследовано несколько десятков археологических памятников, начались хоздоговорные работы. Особенно важными из полевых работ археологического направления за прошедшее время стали работы на памятниках каменного века (Мукшумский, Утюжский комплексы памятников, стоянка «Шолма», Новая Деревня), I тыс. н.э. (Сендимиркинский могильник, Иваньково-Ленинский комплекс памятников) и возобновление раскопок в историческом центре г. Чебоксары.
Археологии института проводят большую работу по привлечению к научно- исследовательской работе студентов, учащихся. Совместно с вузами ЧГУ им. И.Н. Ульянова и ЧГПУ им. И.Я. Яковлева начата планомерная работа по подготовке археологических кадров. На историческом факультете ЧГУ под руководством Е.П. Михайлова в 2000-е гг. велись занятия археологического кружка «Аваллăх». Подлинным центром приобщения учащихся к истории и культуре родного края долгое время являлась общественная организация «Terra incognita» под руководством А.Ю. Березина и Н.С. Березиной. Ныне в ЧГПУ работает поисково-археологический отряд «Память» под руководством Н.С. Мясникова.
За последние 20 лет отделом археологии было выпущено несколько новых археологических сборников («Новые археологические исследования в Поволжье», «Абашевская культурно-историческая общность: истоки, развитие», «Исследования по древней и средневековой археологии Поволжья», «Научно-педагогическое наследие В.Ф. Каховского и проблемы истории и археологии», «Культурная специфика Волго-Сурского региона в эпоху первобытности», «Чувашская археология», вып. 1–4), появились первые монографические исследования (Березина Н.C. Каменный век Чувашского Поволжья), опубликованы доклады, прочитанные на итоговых научных сессиях ЧГИГН (Березина Н.С. Ранний неолит Чувашского Поволжья и проблемы неолитизации; Березин А. Ю. Находки поздней четвертичной фауны в Северной части Приволжской возвышенности в свете возможного заселения древним человеком Чувашского Поволжья; Мясников Н.С. Этнокультурные процессы в Чувашском Поволжье в I–VIII веках нашей эры в свете археологических данных). Большим вкладом в науку является выход в свет в 2013–2015 гг. трех томов «Археологической карты Чувашской Республики», удостоенной государственной премии ЧР в области науки и техники (2016).
В институте действует постоянная археологическая экспедиция, являющаяся прямой наследницей Чувашской археологической экспедиции. На сегодняшний день полевые работы связаны в основном с эпохой средневековья: совместные с Институтом археологии им. А.Х. Халикова АН РТ раскопки Большетаябинского городища, раскопки новых средневековых могильников (Тигашевский, Амоксарский, «Чебоксарский городок»), исследование поселений эпохи Золотой Орды и чувашских могильников XVI–XVIII вв. Большое внимание уделяется исследованию исторических городов Чувашии (Чебоксары, Алатырь). В ближайших планах издание коллективных монографий, посвященных Балановскому могильнику бронзового века, Сендимиркинскому могильнику II–III вв., Большетаябинскому городищу X–XIII вв.
